Una nueva amenaza se presenta en Japón, diversos jóvenes mutantes desaparecieron misteriosamente. Xavier no puede utilizar a Cerebro para localizarlos, por lo que decide reunir nuevamente a los X-Men, sin Scott, al comienzo. Finalmente, Wolverine y Storm logran convencerlo, y los cuatro juntos viajan a la isla asiática. Desde el capítulo 1 hasta el capítulo 12 la historia se situará en Japón, limitándose su estancia en la Mansión X solo a un par de episodios. Entre las amenazas que deben enfrentar se cuentan a los U-Men, el Círculo Interno del Hellfire Club y finalmente al hijo del Profesor X. Mantiene un hilo argumental adulto, o eso aspira, durante los 12 episodios que dura la serie. Es una versión con una visión más japonesa, diferente al estilo estadounidense propio de los X-Men, así como también los tiempos y duración de los animes en comparación con las series animadas que ya se habían visto antes de estos personajes. Gran parte de la historia se centra en Cyclops, su relación con la difunta Jean Grey y con Emma Frost, como también se le da importancia y participación al personaje de Hisako Ichiki, conocida en los comics como Armadura (Armor), quien es casi uno de los personajes protagonistas de la serie.