War of Y se divide en cuatro historias sobre conflictos dentro de la industria del entretenimiento BL (yaoi, también conocido como amor de chicos, es un género de ficción centrado en las relaciones entre personajes masculinos).
Historia 1- Nuevo barco
Pan y Not se convierten rápidamente en la nueva pareja de moda.
Pero el mundo BL no está exento de peligros y tanto los fans como los profesionales del negocio pueden convertirse rápidamente en enemigos.
Historia 2 - La guerra de los managers
A veces la ficción supera a la realidad y cuando una pareja querida por muchos se junta, las cosas pueden complicarse rápidamente, incluso volverse caóticas.
Historia 3 - Y-Idol
Se lanza un nuevo reality show para encontrar a los actores BL del mañana. Encerrados juntos, varios jóvenes aprenden a actuar, cantar y bailar, pero también serán observados por su habilidad para el fan service.
Historia 4 - Esposa
Moss y Achi son una pareja de BL que juega a la perfección la carta del fanservice, hasta el punto de que a veces la línea entre ficción y realidad no está muy clara. Tanto más cuanto que Achi se echa novia al mismo tiempo.