El personaje protagonista, el Número Seis, es en apariencia un antiguo agente secreto del Gobierno Británico durante la Guerra Fría. Nunca es llamado por su nombre y la naturaleza exacta de su trabajo nunca se indica de forma explícita aunque numerosos episodios proporcionan pistas. Tras renunciar a su puesto, es secuestrado y retenido prisionero en un pequeño y aislado pueblo costero conocido como La Villa. Allí las autoridades (cuya identidad y lealtad nunca quedan claras) intentan dilucidar por qué el número seis presentó su renuncia. A lo largo de la serie Número 6 intenta escapar mientras desafía todos los intentos de quebrar su voluntad. También busca descubrir la identidad del misterioso "Número 1", quien presuntamente dirige La Villa.