Años después de la era de Saint Seiya, Marte el dios de la guerra, desciende a la Tierra con la intención de instaurar un nuevo orden y gobernar asi el planeta, Athena y el bebé Kōga están en peligro. El Caballero Legendario Seiya aparece para luchar salvándolos. Athena preocupada por la nueva crisis establece la palestra, un centro de entrenamiento, formacion y estudios para sus futuros guerreros. Mientras Seiya ahora es el Caballero Dorado de Sagitario, Kōga es criado por Saori pero él no sabe que es la diosa Athena, siendo entrenado por Shaina de Ofiuco desde su infancia para convertirse en un santo. Él sólo descubre que Saori es Athena trece años después cuando ella desaparece a manos de Marte quien ha vuelto ahora, después de haber recuperado totalmente de sus lesiones. Su nacimiento es un misterio y él está buscando la solución de este misterio, tambien busca saber el verdadero paradero de Athena, cuando ya convertido en el santo de bronce de Pegaso, es invitado a visitar Palestra, ingresando al Saint Fight para poder ganar el torneo, ascender a santo de oro y poder ver a la diosa que según todos, se encuentra en el santuario, cosa que le produce mucha curiosidad y preocupación. al llegar al santuario se dara cuenta de que este ha sido invadido por el maligno dios de la guerra y se ha o lo han nombrado el nuevo pontífice del santuario.