Red vs Blue se centra en los equipos Rojo y Azul, dos grupos de soldados que participan en una guerra civil. Originalmente, cada equipo ocupa una pequeña base en un cañón conocido como Blood Gulch. De acuerdo con Simmons (Gustavo Sorola), uno de los soldados del equipo rojo, la base de cada equipo existe sólo en respuesta a la base del otro equipo. Aunque generalmente no se agradan entre sí y tienen órdenes permanentes para derrotar a sus oponentes y capturar su bandera, ningún equipo suele estar motivado para luchar contra el otro. Sus compañeros de equipo tienen una serie de personalidades excéntricas y suelen crear más problemas para ellos que para sus enemigos.
La historia de Red vs Blue abarca seis temporadas completas y tres mini-serie. Rooster Teeth periódicamente comunica anuncios auto-referenciales de servicio público (PSA) y en vacaciones, videos de temáticas, que generalmente son ajenas a la historia principal. En estos videos, sin embargo, los miembros de ambos equipos dicen ser de Red vs Blue.
Aunque el entorno visual de Red vs Blue es principalmente tomado de la serie Halo, Rooster Teeth conscientemente los límites de las conexiones con el universo de ficción de Halo. Un video especial para E3 2003 representa a El Jefe Maestro, el protagonista de la serie Halo, como un miembro mayor del ejército, y el Tráiler de Red vs Blue y el primer episodio establecen que la serie se desarrolla entre los acontecimientos de los dos juegos. Más allá de estas referencias, la historia es independiente, una decisión que, según Burns, tiene por objeto aumentar la accesibilidad a quienes no están familiarizados con los juegos. Por ejemplo, aunque la temporada 4 y la temporada 5 incluyen caracteres de la raza alienígena Covenant (el Pacto), Rooster Teeth nunca interpreta a los personajes en el contexto original de Halo.