5012 d.C. La Tierra ha sido invadida repentinamente por alienígenas que han desplegado formas de vida mecánicas. La extinción de la humanidad es inminente, pero un pequeño grupo de supervivientes se ha refugiado en la Luna y organiza un contraataque construyendo soldados androides. Pero no son rivales para un enemigo capaz de multiplicarse infinitamente. La última esperanza reside en una nueva generación de androides femeninas, la unidad Yorha, y más concretamente en la 2B. ¿Serán capaces de recuperar la Tierra?