La serie está ambientada en el año 0079 del U.C. en las junglas del sureste de Asia. La Federación de la Tierra y el Principado de Zeon se encuentran librando una brutal guerra de guerrillas por el control del área y sus recursos. El principado de Zeon pone sus esperanzas de victoria en un nuevo mobile suit experimental y en su piloto, Aina Sahalin. Mientras tanto, el Ejército Federal Terrestre recibe refuerzos desde el espacio. Dentro de los soldados que llegan se encuentra el Teniente Shiro Amada, recién nombrado comandante del 8.º Pelotón de Mobile Suits. Aina y Shiro se conocen después de rescatarse mutuamente en el espacio exterior, pero cuando Shiro descubre que Aina es de hecho el piloto del mobile suit experimental de Zeon, es arrestado por traición. La federación le ofrece a Shiro una oportunidad para redimirse: Este debe ir junto al 8.º Pelotón M.S. a lo profundo del territorio ocupado por Zeon y descubrir donde está escondida su base secreta. Con Zeon acorralado y con La Federación dependiendo de Shiro para ganar, los amantes Shiro y Aina se encuentran en una encrucijada: o luchar por su amor, o seguir leales a sus respectivos bandos.