Es el año 2040 A.D. Han pasado más de 30 años desde la primer guerra espacial contra los gigantes Zentradi que casi acabó con la humanidad. En el planeta Eden, un nuevo mundo habitable descubierto por humanos y Zentraedi aliados, la U.N. Spacy prueba nuevas armas para enfrentar cualquier amenaza.
La historia se centra en tres amigos: Isamu Dyson, Guld Goa Boman y Myun Fan Lon, los cuales tras un trágico accidente hace siete años terminan separándose. Isamu es enviado al planeta Eden para cumplir como piloto de pruebas, encontrándose con su anterior amigo Guld.
En la base de New Edwards se lleva a cabo el proyecto Super Nova destinado a probar dos cazas transformables (Valkyries) para la U.N.Spacy: el YF-19 desarrollado por Shinsei Industries pilotado por Isamu y el YF-21 desarrollado por General Galaxy que tiene como piloto a Guld.
Al mismo tiempo Myung llega a Eden siendo representante de la primera cantante virtual llamada Sharon Apple, lo cual vuelve a unir el triángulo amoroso entre ellos tres.