La historia tiene lugar en una ciudad ficticia bautizada como Sugomori. Un día, Sonosaki anuncia a su compañero de clase Katsuhira que ha sido seleccionado para ser un Kiznaiver, que es como se conoce a aquellos conectados al sistema Kizuna. Dicho sistema permite a su usuario, en este caso Katsuhira, compartir sus heridas y conectarse con sus compañeros de clase. El sistema Kizuna, aún incompleto, es un sistema implementado en busca de la paz en el mundo a través de la conexión de las personas mediante sus heridas. Cuando un Kiznaiver es herido, el sistema divide y transmite la herida a los otros Kiznaivers. La ciudad de Sugomori está construida sobre terrenos ganados al mar. Pero, a medida que pasan los años, la población de la ciudad está disminuyendo.