La historia de "Kite" se desarrolla alrededor de Sawa, una estudiante de instituto que queda huérfana desde muy temprana edad, al ser sus padres víctimas de un brutal asesinato. Akai y Kanye los detectives que en su momento investigaron el crimen, se hacen cargo de la tutela de Sawa. Akai, Aprovechándose de su postura como tutor, inicia una relación sexual con Sawa durante su tutela, siendo ella aun muy joven, y llevando la situación al punto de convertirla, prácticamente, en su esclava sexual.
La turbulenta vida de Sawa da un giro al conocer a Oburi, otro huérfano entrenado por Akai y Kanye como sicario, juntos forman una relación especial por su parentesco y poco a poco juntan fuerzas para huir de la espiral de violencia en la que se encuentran sumergidos, pero no será nada fácil huir de Akai y Kanye.