La historia gira en torno a Yui Kusanagi, una joven que es ordenada por Zeus, dios y cabeza de la escuela que él creó, para enseñarles el significado del amor y ser humano a un grupo de jóvenes y hermosos dioses. La razón que tuvo para hacer eso es la de cancelar los efectos negativos de los bonos debilitadores entre el mundo divino y el mundo de los humanos. Yui se encuentra cerca de su graduación y comienza a preocuparse por su futuro, además de ser una chica un poco más tradicional que la mayoría debido a su crianza en un santuario. Ella es elegida como la humana para asistir a una escuela para dioses que se han alejado de los humanos. Yui es ahora responsable de enseñar a los dioses sobre el valor de ser humano y sobre los sentimientos de estos.