La historia gira entorno de un extraterrestre llamado Zim, originario del Imperio Irken, cuyo deseo es controlar todo el universo. Los lideres Irken (Los Más Altos) envían a Zim al planeta tierra junto a su alocado compañero robot, G.I.R., en la Tierra deben camuflarse con el entorno, buscar formas de colonizar a los humanos, pero en el transcurso de la serie debe luchar varias veces con su némesis, Dib, el rechazado de la clase con gafas al que todos ignoran y que es un obsesionado de lo paranormal.