Ya han pasado unos años desde la explosión en la "Puerta del Cielo", fue el mayor desastre conocido por la humanidad. En referencia a la fecha en la que ocurrió (10-10), el suceso fue llamado "Twin X", desde entonces, un extraño cambio en el magnetismo de la Tierra hizo que dejaran de funcionar todos los aparatos electrónicos.
La tierra se vio cubierta por un "Cielo Protector", un cielo resplandeciente de luz y color, parecido a la aurora boreal. La Humanidad entró en una nueva era, donde las máquinas no funcionan y dependen de sí mismos para sobrevivir. La Era de la Tecnológía ha terminado.
Los hijos del hombre responsable de "Twin X", el profesor Enkidu, Tatsuya y Kiyoko viven solos y perseguidos debido a las enormes deudas que dejo su madre. Un día que huían de sus deudores encuentran a un misterioso grupo en una casa abandonada, que les protegerán de sus perseguidores y les ofrecerán unirse a ellos para enfrentarse al mal que se extiende por el mundo...
Sin embargo, acabarán en manos de la Condesa de Werdenberg, la cual les ayudará asumiendo su deuda y explicándoles que los jóvenes que encontraron en la casa pertenecen a un grupo llamado Orga, un grupo de gente que tiene poderes psíquicos y que luchan contra Gilgamesh, al cual usa Enkidu para destruir el mundo.
Mientras tanto, los poderes psíquicos de Tetsuya empezarán a aumentar y le harán cambiar... Y habrá gente que les buscará debido a quién era su padre.
¿Por qué ocurrió "Twin X"? ¿Qué se esconde detras de la "Puerta del Cielo"? ¿Quién es Gilgamesh y qué pretende Enkidu? ¿Cuáles son las intenciones del grupo Orga? ¿Qué esconde la Condesa de Wermemberg?