«Gibiate» transcurre en Japón en 2030, donde un nuevo virus llamado Gibia se ha extendido por todo el mundo e infectado a la humanidad. El virus hace que los humanos se transformen en varios monstruos conocidos como Gibias, que se desarrollan dependiendo de las características individuales de los humanos, como la edad o el sexo. Un samurái y un ninja del período Edo que han viajado en el tiempo llegan un día al páramo del Japón contaminado. Junto con un médico, buscan una cura y tienen que imponerse contra los infectados y los forajidos que no tienen escrúpulos en su búsqueda de alimentos. Comienza un viaje peligroso, con peligros mortales en todas partes.