La historia tiene lugar en una isla, donde un Sistema Fractale está comenzando a colapsar. Un día, Clain encuentra a una niña herida llamada Phryne debajo de un acantilado. Ella desaparece dejando un colgante. Clain emprende un viaje con el avatar con forma de niña Nessa para buscar a Phryne y descubre el secreto del Sistema Fractale.