Mientras en la Tierra la gente cae por la temible "Muerte Púrpura", que marca a los condenados un círculo oscuro en la frente, un comité de científicos liderado por el Prof. Gordon (John Hamilton 1) investigan cualquier posible cura... bueno, el término "investigan" es relativo, porque se limitan a estar reunidos en un salón mientras un operador de radio les transmite los mensajes que llegan desde la nave del Dr. Zarkov (durante el serial es mencionado como "doctor" y "profesor", así que lo llamaremos "Zarkov" a secas). Zarkov junto al hijo del Prof. Gordon, Flash (nuestro héroe de matinée de cabecera, Larry Buster Crabbe) y la joven Dale Arden (Carol Hughes), indaga en capas superiores de la estratófera la causa de la nefasta "Muerte Púrpura", encontrándose con aparato extraterrestre que despide unos polvitos que al caer se tornan invisibles: Con este método casero, por decirlo así, el Despiadado Ming intenta diezmar la población terrestre. Tras unas secuencias de archivo que nos muestran escenas de caos y manifestaciones populares en vías públicas, el Prof. Gordon sale al balcón de su residencia y da un discurso para el pueblo. Flash Gordon y Zarkov han dado con la causa de la "Muerte Púrpura" y pronto solucionarán el asunto. Por su parte, la nave de Zarkov persigue e intenta derribar a la nave imperial de Ming, pero el ataque resulta infructuoso, siendo nuestros héroes derribados. Aquí comienza el primero de muchos juegos de inteligencia entre los buenos y los malos. Mientras la nave de Zarkov finge haber sido derribada, se adentra en el planeta Mongo, aterrizando en el país amigo de Arboria. La aparente destrucción de Zarkov y Flash hace pensar al Emperador que el secreto de la "Muerte Púrpura" está a salvo. En tanto, en Arboria, Flash, Zarkov y Dale se encuentran con Barin (Roland Drew) y su esposa, Aura (Shirley Deane), la hija de Ming ahora reformada y con varios personajes, como la Reina Fría (Luli Deste), monarca del reino de Frigia, los capitanes Roka (Lee Powell), Ronal (Donald Curtis, 2) y otros oficiales de menor rango.