El escenario es un mundo paralelo a la noche del destino/estancia donde el mayor Grial desapareció misteriosamente de Fuyuki después de la tercera guerra del Santo Grial. Después de muchos años de silencio, al mismo tiempo que la quinta guerra del Santo Grial habría ocurrido, el Yggdmillennia, una familia de magos, declara abiertamente su secesión de la Asociación de magos, y que están en posesión del Grial. La Asociación despacha 50 magos para recuperarlo, y todos menos uno son masacrados al instante por un siervo misterioso. El que queda se encarga de activar el sistema de reserva del mayor Grial, permitiendo la convocatoria de catorce sirvientes en total.
En la ciudad de trifas, dos facciones lucharán por el control de la reliquia sagrada, cada uno de ellos posee su propio equipo de siete siervos: la facción negra cuyos miembros forman parte de Yggdmillennia, protegiendo el Grial, y la facción roja cuyos miembros fueron enviados por la Asociación de magos, tratando de recuperar el Grial. Para un evento de esta envergadura, el propio Grial invoca a su propio siervo, el Santo gobernante, para supervisar el conflicto.
Esto marca el comienzo de la gran guerra del Santo Grial.