Itsuka Shido es un estudiante de instituto. El último día de sus vacaciones de primavera, una explosión devasta su ciudad y una damisela con armadura aparece ante él. Kotori, que no sólo es la seductora hermanastra de Shido, sino también la comandante de la organización militar Ratatosk, le revela que la damisela es en realidad un espíritu que altera el equilibrio del espacio-tiempo. La única forma de poner fin a este desastre es que ella descubra por fin el amor. Una tarea que a Shido le resultará difícil de llevar a cabo.