El Pato Darkwing narra las aventuras del superhéroe del mismo nombre, que lucha por el bien en la ficticia ciudad de San Canario, auxiliado por su ayudante Joe McQuack (procedente de la serie Patoaventuras), y por su hija adoptiva Gosalyn, quien constantemente interfiere en sus casos, a pesar de que Darkwing trata constantemente de impedirlo. En su identidad secreta de Drake Mallard, vive una vida suburbana normal con Gosalyn, quien es amiga de Gansi Pataloca, niño genio y único miembro de su familia con algo de cerebro. Aun cuando Darkwing es un héroe capaz y con un deseo genuino de ayudar a su ciudad y habitantes, su ego gigante, deseo de fama y necesidad de atención suelen interponerse en su misión. Muchos episodios de la serie ponen en conflicto directo ambos aspectos, pero invariablemente termina prevaleciendo la naturaleza más bondadosa del personaje.