L’histoire se déroule sur une petite île encerclée par une mer souillée par le pétrole, l’île a rejoint le bloc libre des continents après une guerre 70 ans.
Akiyuki mène une vie tranquille auprès de sa mère après le départ de son père qui se consacre entièrement à son travail dans une clinique. Alors qu’il se rendait à l’école avec son amie Haru, ils sont surpris par un bombardement causé par de mystérieux ennemis. C’est alors qu’il est touché par une lumière émanant d’une explosion qui le transforme en monstre appelé Xam'd. Il perd alors le contrôle de lui même. Par chance une jeune étrangère du nom de Nakiami parvient à le maitriser, et il se trouve alors transporté sur un navire long courrier qui croisait au large de l’île le Zanbani.
C’est seulement après avoir appris à maitriser le pouvoir de Xam'd qu’il pourra retourner chez lui.