En un "Japón feudal futurista y postapocalíptico", donde quien logre el pañuelo simbólico "Número uno" gobernará el mundo como un "dios". Sin embargo, solo el que tiene el pañuelo "Número dos" tiene derecho a impugnarlo. Afro Samurai, es el actual Número Dos, y viaja por el mundo en busca de venganza, por el actual Número Uno que mató a su padre.