Hipotecó su casa para producir su primera película de largo metraje, Alas de mariposa (1991). Con los ingresos de ésta hizo su segundo largo, La madre muerta.
En 1993 fundó la productora Gasteizko Zinema. Fue la primera figura de su generación de realizadores en darse a conocer ante el gran público al conseguir, con Alas de mariposa, el premio del Festival de Cine de San Sebastián. Su estilo barroco unía a la perfección técnica un aire peculiar de cuento infantil casi siniestro, remarcado en La madre muerta (1993), con guion y producción propios, en la que destaca también la fuerza expresiva de ciertas imágenes.
En 1997 rodó Airbag, un violento road movie con guion y producción ajenos, repleto de chistes sobre la alta sociedad vasca y española y sobre la cultura popular, que en su día se convirtió en la película más taquillera de la historia del cine español,1 si bien luego fue superada por Torrente, el brazo tonto de la ley y más tarde por Torrente 2, misión en Marbella.
En 2002, dirigió la gala de entrega de premios del Salón del Cómic de Granada, para la cual presentó a unos actores caracterizados como talibanes quemando fotografías de la Virgen de las Angustias, García Lorca y Rosa López, simulando un atentado terrorista y practicando una felación y un coito en directo.2
Con Frágil (2004) vuelve al cine independiente y continúa con su camino de películas con atmósfera de cuento, una película personal. Con Rey gitano (2015) volverá al cine comercial y de encargo, ante la dificultad de realizar el otro tipo de películas.3
Desde 1994, ha dirigido y producido varios videoclips y documentales para artistas y grupos musicales como Joaquín Sabina, Los Enemigos, Barricada, Su Ta Gar, Golpes Bajos, Distrito 14 y Pablo Carbonell, entre otros.
Su hermano Eduardo es guionista de cine.