Shelter cuenta la historia de Rin, una chica de 17 años que vive su vida dentro de una simulación futurista completamente sola en una infinita y hermosa soledad. Cada día, Rin se despierta en realidad virtual y utiliza una tableta que controla la simulación para crear un mundo nuevo, diferente y hermoso para ella. Hasta que un día, todo cambia, y Rin viene a aprender los verdaderos orígenes de su vida dentro de una simulación.