La serie vuelve después de los impactantes acontecimientos del final de la primera temporada, con los residentes de Wayward Pines luchando contra el gobierno opresivo de la primera generación. El Dr. Theo Yedlin, un nuevo residente de Wayward Pines, despierta de un coma y se encuentra en medio de esta rebelión, mientras trata de entender lo que es realmente Wayward Pines y ayudar así a preservar la raza humana en peligro de extinción.