Atacados mientras exploran un nuevo sector del espacio, el capitán James T. Kirk y su tripulación se ven inmersos en medio de una guerra. La USS Eagle, perdida ocho años antes, ahora está en manos de una mujer que doblega a su voluntad a las naves y a sus capitanes y que ha creado una flota usando ingeniería inversa que está sumida en la dominación y el genocidio. La Enterprise puede ser la única nave capaz de evitar que el mundo natal Peshan caiga en manos de Alersa y de su flota estelar enemiga.