Los ninjas aprenden a usar las armas doradas y van de vuelta al entrenamiento con la inminente amenaza de Lloyd y los Hypnobrai. mientras los ninjas reciben cartas de sus familias Zane comenta que es huérfano y que no recuerda a sus padres, luego encuentra un misterioso Halcón que lo lleva a la nueva base de Lloyd (mandada a construir por el comandante que está bajo el control de Lloyd). Los Ninjas tienen éxito en la destrucción de la base, aunque son detenidos por cole hipnotizado. Se salva porque el Sensei Wu uso la flauta sagrada antigua, que se utiliza para deshacer los poderes de los Serpentine, para romper la hipnosis de Cole. Pero entonces el líder Hypnobrai es derrotado por su traicionero segundo al mando Skales, que roba de nuevo el cetro, envía a Lloyd lejos, y destruye el monasterio. Sin hogar, los Ninjas son guiados por el Halcón a un barco naufragado (el Navío del Destino) que se volvió su nuevo hogar.