La CIA, al mando de la directora Hayden Chase (Angela Basset, Sr. y Sra. Smith, Contact), decide poner en marcha una rama secreta que haga el trabajo a su manera. Chase hace que Vaughn, Jack, Dixon y Sydney abandonen oficialmente la agencia para que puedan integrarse en esta nueva rama llamada SPA (Sólo Personal Autorizado). El nuevo jefe será el mismísimo Arvin Sloane. Sydney sabe que la única manera de atarle corto es trabajar junto a él. La SPA tiene que intervenir en una nueva organización terrorista que planea un inminente ataque, para ello cuentan con una nueva incorporación: el agente Marshall.