Eon est de retour et attaque Ben 10 000, Ben 20 ans plus tard. Ben 10 000 le bat mais Eon le trompe en attaquant celui du présent. Paradox arrive et amène Ben 10 000 au présent. Ensemble, les 2 Ben vont essayer de détruire la main d'Armaguédon, ce qui n'est chose facile...