Clarence Montgomery, le seul prisonnier innocent d'Alcatraz, revient dans le présent, mais pour y commettre des crimes. Rebecca Madsen, Diego Soto et Emerson Hauser tentent de comprendre pourquoi. De plus, dans les années 60, Edwin James, le directeur de la prison, et le docteur Milton Beauregard se livraient à des expériences sur les prisonniers dont Clarence Montgomery...