Ultraman, die Anime-Adaption des Mangas von Eiichi Shimizu und Tomohiro Shimoguchi, erzählt die Geschichte Shinjirou Hayatas. Shinjirou, dessen Vater Shin Hayata der erste Ultraman war, wird eines Tages von völlig unbekannten Kreaturen attackiert, doch Ultraman lässt nicht lang auf sich warten, um zur Rettung zu schreiten. Im Anschluss an das Gefecht entfernt Ultraman – Shin – seine Maske und offenbart sich erstmals seinem Sohn als der Held, der er ist. Als Shinjirou erfährt, dass er den »Ultraman-Faktor« von seinem Vater geerbt hat, fackelt er nicht lang, um diesem im Gefecht beizustehen und von diesem Tag an sollte für ihn nichts mehr so sein wie bisher …
In einer Welt, in der die Bedrohung durch die Kaiju fast vergessen war, lauert eine völlig neue Gefahr im Untergrund, die nur ein völlig neuer Held bezwingen kann … ein völlig neuer Ultraman!