Neku erwacht mitten auf Shibuyas belebter Kreuzung ohne Erinnerung daran, wie er dorthin gekommen ist. Was er nicht weiß, ist, dass er in eine alternative Existenzebene transportiert wurde, die als »Underground« (UG) bekannt ist.
Nun ist er ein unfreiwilliger Teilnehmer des mysteriösen »Reapers‘ Game« und muss sich mit einem Mädchen namens Shiki zusammentun, um zu überleben. Gemeinsam erfüllen sie Missionen und besiegen Monster, die als »Noise« bekannt sind, während sie nach und nach die wahre Natur dieses verdrehten Spiels aufdecken.
»Es gibt nur einen Weg, in Shibuya zu überleben: Vertraue deinem Partner.« Werden sie das Spiel der Sensenmänner überleben?