Im Jahr 2202, drei Jahre nach der Invasion des Sonnensystems durch die Gamillas, haben die Menschen im Sonnensystem endlich Frieden gefunden. Die Biosphäre der Erde wurde mit dem Cosmo Reverse System wiederhergestellt, das die Yamato am Ende von Space Battleship Yamato 2199 mitbrachte. Mit dem Ende des Krieges gibt es einen Friedensvertrag zwischen der Erde und den Gamillas, der ihre militärische Bindung stärkt und den wahren Frieden sichert. Neben dem Wiederaufbau der Erde bilden die gemeinsamen Streitkräfte eine neue intergalaktische Verteidigungsflotte mit einem neuen Schiff, der Andromeda, als neuem Symbol der Macht. Als eine neue Bedrohung namens Gatlantis, auch bekannt als das Imperium des Weißen Kometen, beginnt, in der neu reformierten Galaxie Chaos zu stiften, ruft die Göttin Teressa die Yamato erneut auf den Plan, um die neue Bedrohung zu bekämpfen.