Die Serie handelt von der Wiener Schifffahrtspolizei (See- und Strompolizei). Die SOKO Wien ist für die Aufklärung und Bekämpfung von Verbrechen zuständig, die an und auf der Donau oder ihren Nebenflüssen begangen werden. Einsatzgebiete der Sonderkommission sind Wien, Nieder- und Oberösterreich sowie das an der Donau liegende grenznahe östliche Ausland. Die Kieberer (Polizisten) agieren donauabwärts etwa bis Bratislava und machen dort den einen oder anderen Straftäter dingfest.