Scooby-Doo und seine Freunde Fred, Daphne, Velma und natürlich Shaggy wohnen nun im kleinen Städtchen Crystal Cove, auch bekannt als "der verfluchteste Ort der Welt" und lösen dort mit ihrer Agentur "Mystery Inc" unerklärliche Fälle, was den Bewohnern der Stadt nicht besonders gefällt, denn seitdem es heißt, dass es dort spukt, leben sie vom aufblühenden Tourismus. Der Bürgermeister Fred Jones Sr. ist am wenigsten begeistert, dass sein Sohn Fred mit seinen Freunden die mysteriösen Wesen verjagt. Was sie erst nicht wissen ist, dass die Stadt ein dunkles Geheimnis hat.