Während der Bakumatsu-Zeit lebte Kenshin Himura, der damals noch als »Hitokiri Battousai« bekannt war, ein Leben als brutaler Auftragsmörder. Nachdem das Tokugawa-Shogunat abgesetzt wurde und die Zeit der Kämpfe allmählich sein Ende gefunden hatte, verschwand er ohne jegliche Spur …
Mehr als zehn Jahre sind seither vergangen und die Unzufriedenheit in der Bevölkerung wächst immer weiter. Mittlerweile durchstreift Kenshin als einsamer Wanderer das Land. Sein Ziel: für seine Vergangenheit zu sühnen. Daher hat er es sich zur Aufgabe gemacht, jene zu beschützen, die es nicht aus eigener Kraft schaffen, sich gegen Ungerechtigkeiten zu wehren.