Der Schüler Shin Kanzato mit seinem kleinen Bruder Jun trifft sich nach zehn Jahren wieder mit ihrem älteren Bruder Ryou, dem Chef der Stadtpolizei von Ayanagi. Zu dieser Zeit ereignen sich in der Stadt Ayanagi eine Reihe seltsamer Vorfälle, wie die Besatzung eines U-Bootes, das plötzlich in seinem U-Boot verschwindet, oder ein geistloses Symptom, das die Welt nach zehn Jahren stört, oder der Fall der Leiche von innen nach außen, bei der a Student nahm ein grausames Aussehen an. Ryou spürt die Organisation hinter der Reihe von Vorfällen auf und nachdem Shin in die Vorfälle verwickelt wurde, weckt er die "Persona".