5012 n. Chr. Die Erde wurde plötzlich von Außerirdischen überfallen, die mechanische Lebensformen eingesetzt haben. Die Auslöschung der Menschheit steht unmittelbar bevor, aber eine kleine Gruppe von Überlebenden hat sich auf den Mond geflüchtet und organisiert einen Gegenangriff, indem sie Androiden-Soldaten baut. Aber sie sind einem Feind, der sich unendlich vermehren kann, nicht gewachsen. Die letzte Hoffnung liegt bei einer neuen Generation weiblicher Androiden, der Yorha-Einheit, und insbesondere bei 2B. Wird es ihnen gelingen, die Erde zurückzuerobern?