Wir schreiben das Jahr 2015. 15 Jahre sind seit dem so genannten "Second Impact" vergangen, der die Auslöschung der Hälfte der Erdbevölkerung zur Folge hatte. Es heißt, dass damals ein gewaltiger Meteorit in die Antarktis einschlug und die Rotationsachse der Erde so verschob, dass Teile der Polkappen abschmolzen. Dies bewirkte eine Steigerung des Meeresspiegels um satte 60 Meter, die dicht besiedelten Küstenregionen der Erde wurden überflutet, Chaos und Bürgerkriege brachen aus. Auch Tokyo wurde vollständig vernichtet.
Doch war wirklich ein Meteorit Schuld an dieser Katastrophe? Oder wurde sie etwa absichtlich von außerirdischen Wesen, "Engel" genannt, ausgelöst, deren Ankunft bereits in alten Schriftrollen prophezeit wurde? Was sind die Absichten dieser Wesen, die nun, 15 Jahre nach der Katastrophe, wieder auftauchen und die neu erbaute Stadt Neo Tokyo-3 angreifen?
All diese Fragen könnten den jungen Shinji Ikari gar nicht weniger interessieren. Er will einfach nur seine Ruhe haben und sein Leben weiterführen ohne groß über die Welt nachdenken zu müssen. Seit seine Mutter gestorben ist und ihn sein Vater verlassen hat, ist er innerlich abgestumpft und wird von starken Selbstzweifeln geplagt. Als ihn dann eines Tages sein Vater, Gendo Ikari, nach Neo Tokyo-3 beordert, folgt Shinji dem Ruf ohne zu wissen, was ihn erwarten wird.
Wie sich schnell herausstellt ist Gendo Ikari nicht an einer freudigen Familienwiedervereinigung interessiert, sondern hat für Shinji eine ganz bestimmte Aufgabe vorgesehen: Er soll Pilot des gewaltigen Kampfroboters EVA-01 werden, den die Geheimorganisation NERV gebaut hat, um den Angriffen der Engel entgegentreten zu können. Diese rätselhaften Kampfroboter namens "Evangelion" können nämlich nur von ganz bestimmten Kindern gesteuert werden, die 9 Monate nach dem "Second Impact" geboren wurden - Kindern wie Shinji.
Widerwillig setzt sich Shinji ins Cockpit von EVA-01 und nimmt den Kampf mit den Engeln auf. D