»NekoparA« knüpft an die Handlung von »Nekopara« an. Ein neuer Tag beginnt im Leben von Kashou Minazuki, dessen Pâtisserie La Soleil mittlerweile sehr gut läuft. Während er für die beiden Katzenmädchen das Frühstück zubereitet, versucht Vanilla die schläfrige Chocola aus dem Bett zu bekommen. Am Essenstisch denkt Kashou an die Anfänge von La Soleil zurück und wie er Chocola und Vanilla im Umzugskarton entdeckt hat.