NCIS: Origins beginnt im Jahr 1991, Jahre vor den Ereignissen der Mutterserie. In der neuen Serie beginnt Gibbs seine Karriere als frisch gebackener Special Agent im jungen NCIS-Büro in Camp Pendleton, wo er seinen Platz in einem düsteren, zusammengewürfelten Team unter der Leitung der NCIS-Legende Mike Franks findet.