Moyashimon ist eine Komödie, die sich um das Collegeleben eines jungen Agronomie-Studenten namens Tadayasu Sawaki dreht, der eine besondere Begabung hat: Sawaki kann Mikroorganismen wie Mikroben mit bloßem Auge sehen. Er sieht diese aber nicht realistisch, wie bei Aufnahmen eines Elektronenmikroskops, sondern als kleine knuddelige Kreaturen, die mit ihm kommunizieren können.