Bei einem Strandspaziergang entdeckt die Meeresbiologin Dr. Elizabeth Merrill einen leblosen Mann, der scheinbar angespült wurde. Er scheint völlig ausgetrocknet zu sein. Dr. Merrill bringt ihn ins Krankenhaus, doch die Ärzte können ihm nicht helfen. Da kommt ihr die rettende Idee: Der Fremde muss zurück ins Meer. Dort angelangt, erwacht der Totgeglaubte zu neuem Leben. Mark Harris, wie der Gefundene genannt wird, leidet unter Amnesie und kann sich auch nach seiner gesundheitlichen Wiederherstellung nicht daran erinnern, woher er kommt und wieso er anders ist. Zusätzlich zu Schwimmhäuten zwischen Zehen und Fingern kann Mark schneller als ein Delfin schwimmen, hat sehr lichtempfindliche Augen und entwickelt Kräfte, die die eines normalen Menschen übersteigen. Allerdings sind diese Kräfte vom Wasser abhängig und längere Zeit an Land lässt ihn schwach werden. Grundhandlung der Serie war Marks Suche nach der Wahrheit über seine Herkunft, die aber nie geklärt wurde.
Die Regierung der Vereinigten Staaten möchte sich Marks Besonderheiten zu Nutze machen und überredet ihn, zusammen mit Dr. Merrill und C.W. Crawford an den unterschiedlichsten Aufträgen teilzunehmen. Offiziell arbeiten sie für ein Unterwasser-Forschungslabor mit Hilfe des modernen High-Tech U-Bootes Ceatacean. Mit diesem untersuchen sie eine ganze Reihe von bizarren Phänomenen, einschließlich von Portalen, die in andere Dimensionen führen. Dazu kommen noch Begegnungen mit den unterschiedlichsten Meereskreaturen und Außerirdischen. Oftmals wiederkehrender Feind des Mannes aus Atlantis ist der beleibte Millionär Mr. Schubert, der ein außergewöhnliches Interesse an Mark hat.