Nagate Tanikaze wuchs im Untergrund der Stadt "Sidonia" auf und lernte nie, mit anderen Menschen zu kommunizieren. Nur gemeinsam mit seinem Großvater, übte er sich in einem Simulator, welcher für die Bedienung von mechanischen Wächtern erschaffen wurde. Als sein Großvater eines Tages verstirbt, wird er vom Rest der Menschheit entdeckt und auf seine Kampffertigkeiten getestet. Er wird als Pilot eines echten Wächters auserwählt und findet sich in einem Überlebenskampf gegen die sogenannten "Gaunas" wieder, welche die Erde bedrohen.