Die Suche nach dem Mörder ihres Vaters führt Ryuko Matoi an die Honnouji-Akademie. Ihr einziger Anhaltspunkt ist die Hälfte einer überdimensionalen Schere, von der der flüchtige Mörder die andere Hälfte besitzt. Für Ryuko ist die Hauptverdächtige Satsuki Kiryuin, die Präsidentin der Schülerversammlung, welche die Akademie mit eiserner Faust regiert. Bewaffnet mit ihrer riesigen Scherenklinge stellt sie sich Satsuki und ihren Klubvorsitzenden entgegen, die aus ihren "Goku-Uniformen" übermenschliche Kräfte beziehen. Ryuko unterliegt in ihrer ersten Konfrontation und gerade als alles hoffnungslos erscheint macht sie Bekanntschaft mit einer sprechenden Schuluniform, mit dessen Hilfe das kampflustige Mädchen ihren Widersachern ebenbürtig wird.