An der Kamome-Oberschule machen Gerüchte über die »sieben Mysterien der Schule« die Runde. Eine dieser Mysterien ist die Legende von dem »Schulgeist Hanako-san«. Hanako-san, die in der dritten Kabine der Mädchentoilette im dritten Stock des alten Schulgebäudes herumlungert, erfüllt einem jeden Wunsch, wenn man sie ruft.
Die Oberschülerin Nene Yashiro, die das Okkulte liebt und unentwegt von Romantik und Liebe träumt, wagt sich in die heimgesuchte Kabine. Doch die Hanako-san, die sie dort trifft, ist allerdings überhaupt nicht diejenige, die sie sich vorgestellt hat! »Hanako-san von der Kamome Academy« ist … ein Junge?!