Nach dem Tod von Doctor Hell, den der Kampfroboter Mazinger Z besiegt hat, kehrt zunächst Frieden ein. Das Reich Mikene aus dem Untergrund will die Oberfläche und seine Einwohner erobern. Der Kaiser der Dunkelheit ist Mikenes Führer. Das unterirdische Reich schickt zwei starke Roboter zur Oberfläche, die Mazinger Z besiegen und das Forschungsinstitut für Photonenenergie zerstören. Plötzlich erscheint der neue Roboter Great Mazinger, der die Mikenischen Roboter einfach vernichtet.
Kōji Kabuto, der Pilot des Mazingers Z, reist in die USA, um in einer US-amerikanischen Universität zu studieren. Tetsuya Tsurugi, der den Great Mazinger steuert, ist der neue Kämpfer der Menschheit gegen das Reich Mikene. Professor Kenzo Kabuto, der Erfinder des Great Mazingers und Chef der Festung der Wissenschaft, hilft Tetsuya Tsurugi gegen das Mikenische Reich.
Die Roboter von Mikene verlieren jede Schlacht gegen Great Mazinger. Doktor Hell wird vom Kaiser der Dunkelheit wieder belebt, um die Kampfkraft zu stärken. Professor Kenzo Kabuto wird während eines Angriffs auf die Festung verletzt. Am Ende gelingt es Tetsuya und Great Mazinger mithilfe von Kōji und Mazinger Z, das Reich Mikene zu zerstören.