Riesige Roboter, Giant Robots (GR's) tauchen überall auf der Erde auf und zerstören die Ruinen antiker Bauwerke.
Kusama Daisaku, 18 Jahre, Schulabbrecher, ist von zu Hause ausgerissen und arbeitet im Diving Shop Higa im südlichen Yonaguni, der westlichsten Insel Japans. Während eines Tauchgangs mit Alex McKenzie, einer Managerin der UNISOM (der unabhängigen UN-Streitkräfte) hat er eine Vision und ertrinkt dabei fast.
Als er am gleichen Abend noch einmal tauchen geht, trifft er am Strand ein geheimnisvolles Mädchen, V.
Sie prophezeit ihm, dass er mit einem dieser Giganten einen Vertrag schließen wird. Als er anschließend taucht, findet er den Eingang zu einer Unterwasser-Pyramide, und bei deren Erkundung schießt ihm plötzlich etwas durch den Kopf …