Die Geschichte des Anime beginnt in der fernen Zukunft, in den Weiten der Galaxie. Die galaktische Allianz der Menschen ist ständig im Krieg gegen eine groteske Rasse von Wesen, die "Hidiaasu" genannt werden. Im Laufe der intensiven Schlacht wird der junge Leutnant Red und seine humanoide mobile Waffen Kammer von einer Raum-Zeit-Verzerrung verschluckt. Als Red aus seinem künstlich erzeugten "Winterschlaf" aufwacht, stellt er fest, dass er die Erde erreicht hat. Der Planet an der verlorenen Grenze. Auf diesem Planeten, welcher komplett von Meeren überflutet ist, leben die Menschen in/auf Flotten riesiger Schiffe und bergen Relikte aus den Tiefen der Meere, um zu überleben.
Red kommt auf ein Schiff mit dem Namen Gargantia an. Ohne Kenntnisse über die Geschichte des Planeten oder ihre Kultur ist er gezwungen, bei Amy, einem 15 jährigen Mädchen und Bote, an Bord der Gargantia Flotte zu leben. Für Red, welcher sein Leben lang nur gekämpft hatte, waren diese Tage des Friedens eine Überraschung...