In der fernen Zukunft nimmt die Weltbevölkerung rapide ab, deswegen hat Japans Regierung das »Supernatural Renovation Project« entwickelt, nach dem genmodifizierte Menschen, die in Tokio wohnen, in Cluster eingeteilt werden. Getrennt durch hohe Mauern und regiert von einer künstlichen Intelligenz verbringen die meisten Menschen ihr Leben in ihrem zugeteilten Bereich, ohne sich darum zu kümmern, was in der Außenwelt geschieht. Doch es gibt auch einige Leute, die unzufrieden mit ihrer Situation sind und sich an eine geheime Organisation wenden, die daran arbeitet, diese Mauern zu durchbrechen …