Cyborg 009 handelt von Joe Shimamura und den anderen Cyborgs, welche gegen die Bresudo, eine Gruppe von Menschen, die übermenschliche Kräfte und Intelligenz besitzen, kämpfen und die Vergangenheit der Menschen seit der Antike beeinflussen. Ihre Ziele sind unbekannt, doch ihr Vorhaben legt einen dunklen Schatten über die Welt. Obwohl wenig Menschen an die Bresudo glauben, gibt es eine Journalistin namens Lucy Davenport, welche eine Familie in Texas kontaktiert und die Cyborgs trifft. Die Cyborgs wurden zum Schutz der Menschheit seit der Gründung der UN-Schutztruppen von ihrer Pflicht befreit und leben jetzt ein ruhiges Leben. Doch Lucy besucht sie, um sie dazu zu bewegen, noch einmal gegen die Bresudo zu kämpfen.